Es uno de los escritores mexicanos más reconocidos y respetados dentro del género de la ciencia ficción, aunque también ha desarrollado trabajos literarios de otros géneros. Su obra abarca ensayo, poesía y narrativa, y permite considerarlo parte de un movimiento renovador en la literatura mexicana de finales del siglo XX, que abandona el nacionalismo imperante hasta aquel momento y busca volverse más universal y cosmopolita. José Luis Zárate ha obtenido varios premios nacionales e internacionales, entre los que destacan el Premio Más Allá (1984), el Premio Kalpa (1992), el Premio MECyF (1998 y 2002) y el Premio UPC de ciencia ficción (2000).